ในวันที่ 1 กันยายน พ.ศ. 2551 นายฟูกูดะได้แถลงว่าจะลาออกจากตำแหน่งนายกรัฐมนตรีและตำแหน่งประธานพรรคเสรีประชาธิปไตยอย่างกะทันหันเมื่อเวลา 21.30 น.ตามเวลาท้องถิ่น โดยให้เหตุผลหลักว่าโครงสร้างอำนาจการเมืองในรัฐสภาในปัจจุบันทำให้เขาและคณะรัฐมนตรีไม่สามารถทำให้เขาดำเนินนโยบายบริหารประเทศได้อย่างมีประสิทธิภาพ เขาได้ย้ำว่าเหตุผลในการลาออกของเขานั้นแตกต่างอย่างสิ้นเชิงกับเหตุผลในการลาออกของนายอาเบะผู้ดำรงตำแหน่งนายกรัฐมนตรีก่อนหน้าเขา อนึ่ง การลาออกของเขามีขึ้นก่อนสมัยประชุมรัฐสภาที่จะพิจารณาร่างกฎหมายสำคัญต่างๆจะเริ่มขึ้นในวันที่ 12 กันยายน

นายฟูกูดะพร้อมคณะรัฐมนตรีของเขาได้ลาออกจากตำแหน่งพร้อมกันในวันที่ 24 กันยายน เพื่อเปิดทางให้รัฐสภาได้ลงคะแนนเสียงเลือกนายกรํฐมนตรีคนใหม่ในวันเดียวกันนั้นเอง